朱熹还抨击当时的“官学”追名逐利，忽视道德教育和实践知识的传授，师生关系漠然如路人，读书人只会死啃书本，死读书和读死书。朱熹教给学生的不仅是经学、史学，还包括天文、地理、医学和农业等方面的知识。1181年朱熹又在武夷山修建“武夷精舍”，广召门徒，传播理学。为了帮助人们学习儒家经典，他又于儒家经典中精心节选出“四书”（《大学》、《中庸》、《论语》、《孟子》），并刻印发行。1193年朱熹任职于湖南，不顾政务缠身，又主持修复了四大书院之一的另一著名书院──岳麓书院。使之与白鹿洞书院一样，成为朱熹讲学授徒、传播理学的场所。当时全国著名的书院，经朱熹整理维修的占了一半以上。朱熹每到一地，都广收门徒，宣讲理学，所教子弟，数以千计，形成了自己的学派。书院在南宋盛行，几乎取代官学，这种盛况是与朱熹的提倡直接有关的。

朱熹坚持孔子“有教无类”的教育方针，说：“当世之才无不学”，“八岁至十五岁”为小学教育。“自王公以下，至于庶人之子弟，皆入小学，而教之以洒扫、应对、进退礼节，礼、乐、射、御、书、数之文。”十五岁后即为大学时期。“自天子之元子、众子、以至公卿大夫之适子，与民之俊秀，皆入大学，而教之以穷理、正心、修己、治人之道”（《大学章句序》）。在书院教学中，朱熹非常重视自学和启发，他认为学生要立定志向，勇猛精进，自学自得。他要求学生先自修，自修时要“如琢如磨”，同学之间也可以相互切磋。教师的主要责任在于适时给予启发和诱导。他说：书不可记，熟读可记。义不可精，深思可精。唯有志不立，则是无着力处。又说：学者读书，须是无味处细思。他还认为读书要读到“群疑并兴，寝食俱废”的程度，学问才能有大长进。他有时还和学生互相诘难，一起讨论问题。他讲学以穷理致知、反躬践实以及居敬为主旨。他继承二程，又独立发挥，形成了自己的体系，后人称为程朱理学。晚年定居建阳考亭，与弟子蔡元定等创建全国闻名的“考亭书院”，四方学子不远千里前来求学，研究理学，著书立说，形成了学术史上令人瞩目的“考亭学派”，考亭也因此喻为“南闽阙里”，建阳被称为“理学之乡”。如今在美国、日本、韩国、新加坡及港澳台等地朱熹所创立的南宋理学迄今仍被他们所推崇。